四川大學華西第二醫院源于1896年成立的仁濟女醫院，開設婦產科和兒科。1987年原衛生部批準華西婦產科和兒科從原華西醫科大學附屬醫院遷出單獨建院，成立華西醫科大學附屬第二醫院，又名華西婦產兒童醫院。2000年醫院更名為“四川大學華西第二醫院/華西婦產兒童醫院”，是國家衛生健康委員會預算管理的婦女兒童?？漆t院。醫院為國家兒童區域醫療中心(西南)，也是國家區域醫療中心建設項目——四川大學華西第二醫院天府醫院/四川省兒童醫院（眉山）和四川大學華西第二醫院西藏醫院/西藏自治區婦產兒童醫院（拉薩）的輸出單位，是集醫療、教學、科研、預防保健和人才培養為一體的大學附屬醫院。

醫院目前有華西院區和錦江院區兩個院區，核定床位1580張，有26個臨床科室和7個醫技科室。婦產科學和兒科學均為國家重點學科，婦科、產科、兒科新生兒專業、超聲科、小兒呼吸免疫科、生殖醫學科、小兒感染科、小兒神經科、兒童心血管科為國家臨床重點專科建設項目，醫院為國家更年期保健、新生兒保健、孕產期保健和孕前保健特色專科建設單位。婦產科學、兒科學、母嬰醫學和應激生物學為博士學位授權點，婦產科學和兒科學為博士后流動站。醫院擁有“出生缺陷與相關婦兒疾病教育部重點實驗室（四川大學）”、“國家衛健委時間生物學重點實驗室”、“藥物制劑體內外相關性技術研究國家藥監局重點實驗室”、“早期發育與損傷的基礎與臨床嵌合研究”教育部創新團隊。婦科惡性腫瘤診治、小兒血液病及小兒腫瘤診治、早產兒支氣管肺發育不良防治體系的建設與完善為國家衛生健康委臨床學科重點項目。國家兒童區域（西南）醫療中心、全國救治農村兒童白血病、先天性心臟病區域協作中心、中國出生缺陷監測中心/全國婦幼衛生監測辦公室、四川省產前診斷中心、四川省人類精子庫、四川省婦產科、兒科、婦幼檢驗、女性盆底功能障礙性疾病質量控制中心、四川省生育力保存質量管理中心、四川省危重孕產婦和新生兒救治中心等機構及中心掛靠我院。

醫院為國家衛生健康委住院醫師規范化培訓基地、新生兒圍產期醫學專科醫師規范化培訓基地、臨床藥師培訓基地、婦科內鏡診療技術培訓基地、產前診斷培訓基地、先心病介入診療技術培訓基地、全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓基地、婦女保健?？颇芰ㄔO區域培訓基地、助產士規范化培訓基地、全國基層產科醫師培訓項目四川省培訓基地、四川省專科醫師、專科護士規范化培訓專業基地、四川省護士、藥師規范化培訓基地。

醫院承辦《中華婦幼臨床醫學雜志》（電子版）（中國科技核心期刊）、《國際輸血與血液學雜志》（中國科技核心期刊）和《中華醫學遺傳學雜志》三本國家級雜志和《Gynecology and Pelvic Medicine》《Women and Children Nursing》兩本英文國際雜志。