北京大學出版社有限公司作為以人文社會科學為主的綜合性大學出版社，其前身可以追溯到1902年設立的京師大學堂譯書局和編書處，開創中國大學設立出版社之先河。譯書局翻譯“西學”教科書和其他圖書，編書處編纂“中學”教科書，北京大學的出版活動從此開始。著名翻譯家、思想家嚴復曾任譯書局總辦，文學翻譯家林紓為副總辦。編書處總纂為李希圣。1918年，北京大學成立出版部，出版大學教科書和學術著作，曾出版《北京大學日刊》《國學季刊》等有廣泛影響的刊物和中國社會主義青年團中央的機關刊物《先驅》，還先后楊昌濟翻譯的《西洋倫理學史》、黃節的《詩學》、錢玄同的《文字學音篇》、梁漱溟的《印度哲學概論》等一批著名學者編寫的教材和學術專著。1952年院系調整后，根據國家的總體布局，北京大學停止了出版活動。從1902年至1952年，北京大學出版機構累計出版各種教材講義和圖書600余種。改革開放后，根據國家科學、文化和教育事業發展的需要，經政府主管部門批準，北京大學出版社于1979年恢復建制。

自恢復建制以來，北京大學出版社始終堅持正確的政治方向、輿論導向和價值取向，堅持把社會效益放在首位，秉持“為教學科研服務、為人才培養服務、為社會發展與進步服務”的辦社方針，以出版更多推動社會發展和科技進步的優秀圖書為己任，在導向管理、質量控制、精品生產和閱讀推廣上不懈努力，創造了經濟效益和社會效益的雙豐收。

2010年12月，北京大學出版社完成改制工作，注冊登記為北京大學出版社有限公司，由此翻開了新的改革發展篇章。