學甲慈濟宮始建于明末清初,是鄭成功收復臺灣時,白礁鄉部分忠貞軍民隨鄭成功來臺,為求渡海平安,由李姓人家恭迎家鄉慈濟宮神明保生二大帝、謝府元帥和中壇元帥等三尊神像同渡,庇佑眾生,并在最初登陸的臺南學甲鎮興建慈濟宮。
巍峨壯麗的廟宇分前后兩殿:前殿供奉全臺唯一自福建白礁慈濟宮分靈而來的保生大帝,后殿奉祀觀音佛祖。建筑雕梁畫棟,蟠龍石柱深具古樸藝術價值,更集葉王交趾陶、何金龍剪黏、蘇水欽木雕、潘麗水彩繪等大師工藝于一身。宮外兩側分立石獅、旗桿各一對,配以宏偉牌樓,盡顯莊嚴氣象。
學甲慈濟宮主祀保生大帝(大道公吳真人)神像,是臺灣保生大帝廟宇的開基祖廟,終年香火鼎盛,學甲慈濟宮每年都會舉行“上白礁”遙拜大陸白礁慈濟宮謁祖活動,已持續300多年,以農歷三月十一日「學甲上白礁」祭典最負盛名。
「學甲上白礁」作為大臺南重要香科,其儀程融合多元文化特色:既有宮內祭典、白礁亭謁祖等儀式,亦有法師接香、將軍溪畔「大道公埔」請水請火、廟埕過火凈穢等傳統儀軌;刈香繞境十三莊時,可見藝閣、文武陣頭等民俗展演,更有報馬牛、報兵、蜈蚣陣、道士凈案等開路先鋒,完整保留傳統香科形制。