臺北醫學大學原名臺北醫學院，創立于1960年6月1日，是醫學專家暨熱心醫藥教育人士胡水旺先生與徐千田先生等所捐資創設。創校之初，校地盡是一片荒蕪水田，教學與研究資源匱乏，四十八年來，在歷屆校長的努力下，從創校之三學系二專科，擴展為現有醫學院、口腔醫學院、藥學院、護理學院、公共衛生暨營養學院五個學院，十三學系及十三研究所之規模。自從2000年改名臺北醫學大學以來，便一直以成為國際一流醫學大學為目標，持續努力。
在教學方面，作為一所都會型醫學專業大學，臺北醫學大學的教育理念，在于教導學生醫學專業知識之外，同時重視博雅教育，回歸以人為本的教學。在這樣的理念上，自2006年起，連續三年獲得教育部教學卓越計劃補助，獲得肯定。為落實該校結合醫學科技與人文教育的理想，深化人文與通識教育，學校以專業教育通識化、通識教育專業化為兩大主軸，持續貫徹教學品質與績效的目標。
在研究方面，頂尖研究是國際一流大學不可或缺之一環，臺北醫學大學過去幾年來，研究水準已有長足的進步。為持續朝向世界前五百大頂尖大學，學校順應國際趨勢，極力爭取大型及整合型研究計劃，延攬國內外杰出人才及其團隊，提高研究獎勵，并建立與國際一流研究單位合作關系。
在醫療方面，隨著教學研究的成長，該校醫療體系也日漸茁壯。臺北醫學大學擁有附設醫院、萬芳醫院、雙和醫院，三所附屬醫院，近三千床之規模，是為臺北地區醫學院校最大之醫療體系。臺北醫學大學統合學校及三附屬醫院的資源，在見、實習與臨床技能訓練上，具有完整的設備與空間，更以服務鄰近社區，保障國人健康為職志。
洪奇昌：民主進步黨立法委員
林益世：國民黨立法委員
侯文詠：麻醉醫師、知名作家
張洪量：牙醫系畢業，流行音樂歌手、制作人
隆中隱：知名中國音樂教育者
陳以生：牙醫系學士、口研所碩士，流行音樂歌手
陳子忠：醫技系學士、中港臺醫療管理人員
李良雄：臺北榮民總醫院院長
1958年，創辦人胡水旺先生、徐千田先生籌設北醫。
1960年，北醫創立，當時有醫學系、牙醫學系及藥學系三系。
1963年，成立護理助產專修科，招收五專生。
1965年，成立醫事技術專修科，招收五專生。
1975年，醫事技術專修科改制為醫事技術學系。
1976年，設立臺北醫學大學附設醫院。
1977年，護理助產專修科改制為護理學系。
1979年，成立保健營養學系。
1989年，成立公共衛生學系。
1989年，成立天然物醫學研究所。
1990年，胡俊弘先生接任校長，成立醫學研究所。
1992年，成立口腔復健醫學研究所。
1993年，口腔復健醫學研究所改名為牙醫學研究所。天然物醫學研究所改名為醫學研究所。
1994年，成立細胞及分子生物研究所。領先全國各校成立「醫學資訊暨電子計算機中心」。
1995年，成立保健營養學研究所碩士班。護理學研究所碩士班。
1996年，接收臺北市政府委托經營市立萬芳醫院。
1997年，成立醫務管理學系。
1998年，成立生物醫學技術研究所、醫學資訊研究所。
1999年，成立生藥技術學系，是臺灣第一個中藥相關學系。由當時藥學院院長楊玲玲教授所創立,但由於藥師全聯會的反對,迫使2007年停止招生。
2000年，改名「臺北醫學大學」，成立醫務管理研究所、生物醫學材料研究所。
2001年，成立呼吸治療學系、口腔衛生學系。
2002年，成立藥理學研究所、口腔科學研究所、保健營養研究所博士班。
2003年，通過衛生署甄選，籌建雙和醫院，并成立醫學人文研究所。
2004年，成立神經科學研究所。
2006年，口腔科學研究所與生醫材料研究所合并，改名為生醫材料暨工程研究所。護理學研究所博士班成立、醫事技術學系改名為醫學檢驗暨生物技術學系。
2007年，成立牙體技術學系、老人護理暨管理學系。由原先的醫學研究所基礎組、細胞及分子生物研究所、醫學檢驗暨生物技術學系碩士班、藥理學研究所及神經科學研究所五所整合為醫學科學研究所。
2008年，附屬醫院-雙和醫院於7月1日開始營運、邱文達教授接任校長
2009年，醫務管理學系并入公共衛生暨營養學院，開始招收碩士班國際學生。
2010年，成立醫學科技學院、人文暨社會科學院。
2011年，榮獲QS亞洲頂尖大學前百大。連續六年獲教育部補助近4億元。
2011年，邱文達校長榮陞衛生署署長，閻云教授接任北醫第九任校長。
2013年，老人護理暨管理學系更名為高齡健康管理學系。
2014年，藥學系分設藥學組、臨床藥學組。
2015年，成立管理學院，并將公共衛生暨營養學院中的「醫務管理學系（學士班、碩士班、碩士在職專班）」整并至管理學院。
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