劇情設定

故事情節緊接著《銀河戰士II》，薩姆絲把捕獲的小Metroid送到了銀河聯邦的空間站，讓科學家們進行研究。在她剛離開不久之后就收到了空間站發出的緊急求救信號，當她返回時發現空間站里遭到了宇宙海盜的襲擊，小Metroid被Ridley搶走。為了徹底消滅宇宙海盜薩姆絲再次來到了ZEBES。

故地重游的薩姆絲在ZEBES上探索宇宙海盜的蹤跡，發現很多上次沒有到過的新地域，如墜毀的飛船和流沙地帶，還從兩種外星小生物那里學會了加速跑后蓄力飛行和蹬墻跳躍的技巧。消滅了包括Ridley在內的四大海盜頭目后薩姆絲進入ZEBES的中心地帶TOURIAN，在那里遇到很多宇宙海盜培養的Metroid。最后薩姆絲遇到已經長大數倍的小Metroid，小Metroid在快把她能量吸盡的關頭認出它曾經的"母親"，放開薩姆絲逃走了。

薩姆絲見到了Mother Brain，擊毀了玻璃容器，Mother Brain現出了真身，把薩姆絲打的毫無還手之力。

小Metroid趕來救薩姆絲，吸收Mother Brain的能量并把能量轉給薩姆絲

Mother Brain竟又活了，殺死了小Metroid。薩姆絲啟動Hyper槍的能力,把Mother Brain消滅，后啟動自爆系統脫離了這傷心之地。

游戲特色

由于是在一個ZEBES這樣的行星上探險，地圖異常的龐大，游戲的進行過程中沒有任何該往哪里走的提示，得到的新能力也不會告訴你應該怎么用，全要靠玩家自己的探索，初玩者肯定會有種茫然無助的感覺，不知道該如何是好。眾多新能力、新技巧的加入使得系列的解謎在《超級銀河戰士》中被提升到了一個無與倫比的程度，這也是《超級銀河戰士》被尊為系列之最的原因。最為經典的當數變成球放在鳥人族雕像上啟動機關和用強力炸彈破壞玻璃通道開辟新的路線，這其中的奧妙之處很難用三言兩語能精確的表達出來，只有玩家自己親自去玩才能體會它的偉大。 《超級銀河戰士》無論是在故事情節上還是游戲系統上都到達了《銀河戰士》系列的頂峰，讓人很難想像之后會怎樣發展，于是，薩姆絲就此沉睡了八年之久

游戲標題

從這一集開始《銀河戰士》系列的標題就不再用數字了，本作的SUPER含義有三：

其一，第一部作品平臺是FC，本作為SFC，故為Super;

其二，與一代相同，地點都是在ZEBES上，畫面音樂方面大幅Super化;

其三，意指已經長大的小Metroid成為了Super Metroid。