對于儒教是否是一種宗教歷來有爭議。反對者的意見如果歸結為一條，就是說儒教不具有一般宗教的特征。比如：儒者一般不信鬼神，儒教無宗教組織和宗教儀式，儒教無彼岸世界等等。實際上儒教是有的，儒者信奉上帝（天）。依儒經，上帝“作之君、作之師”，教給君師的任務，不是讓他們帶領人們到上帝的世界里去，而是要他們“克相上帝，寵綏四方”，即輔佐上帝，把天下治理好。這只是教義的不同，并不是教與非教的分水嶺。1902年以前，儒者們一致認為，儒教是和佛教、道教、回教、基督教一樣性質的宗教，區別僅僅在于儒教是“圣教”，而其他的不是。

爭論一

第一次關于儒教是教非教的爭論，是發生在基督教內部的“禮儀之爭”。所謂“禮儀之爭”，是早期在華基督教內部，爭論儒者們祭孔、祭祖是不是宗教活動。假如是宗教活動，則從事此類活動的人就不能加入基督教；假如不是，則可以成為基督教徒。利瑪竇來華，為了打開傳教的局面，自辟蹊徑，允許那些保持祭孔、祭祖傳統的儒者加入基督教，從而打開了在中國傳教的局面。他在給羅馬公教會的報告中，聲稱這些活動僅僅具有紀念意義，并不具有宗教意義。而在他撰寫的中國札記中，則把儒教作為中國宗教狀況的首要內容，并且明確指出：儒者們“的確相信有一位神在維護著和管理著世上的一切事物”，“這些被稱為儒家的人的確承認有一位最高的神祇”，儒者們“也承認別的鬼神，但這些鬼神的統治權要有限得多，受到的尊敬也差得多”。從這些札記中，我們只能得出結論說，利瑪竇說儒教不是宗教，僅僅是他的傳教策略而已。

爭論二

第二次爭論發生在20世紀初葉。康有為主張改革儒教，他的學生梁啟超追隨他的主張，在湖南自強學堂講學，力主儒教就是宗教。但是變法失敗以后，梁于1902年發表《保教非所以尊孔論》，認為儒教不是宗教。梁的意見立刻遭到他的老師康有為的強烈指責，但是未能改變梁的主張。從此以后，儒教不是宗教的觀點就逐漸流行開來。另一個流行觀點是道家非道教說。

10年后，即1912年，中華民國成立，蔡元培出任教育總長。在此以前，蔡元培曾經不止一次發表文章，包括他在德國寫的學位論文，都曾明確主張儒教是教。在擔任教育總長后，他首先取消了學校中保存的尊孔讀經制度，不久又明確宣布儒教不是宗教，并且主張用美育取代宗教。

數年后，陳獨秀創辦《新青年》雜志，并在該雜志上多次著文，明確指出儒教之教只是教化之教，而不是宗教之教。

這次爭論，儒教不是宗教的主張以絕對優勢取得了勝利。從此以后，儒教不是宗教，中國古代是無宗教國，就成為中國學術界的定論，成為一切有關傳統文化著作的立論基礎。

爭論三

第三次爭論從1978年年底開始，任繼愈先生在南京中國無神論學會成立大會上，發表儒教是宗教的演講。后來又就此題目不止一次地發表演講和文章，論證儒教是宗教。然而在近10年的時間里，幾乎沒有一人贊成，而只有任繼愈先生一人在堅持著他儒教是教說。

1986年，何光滬首先著文，支持儒教是教說，后來又有賴永海、謝謙、李申，相繼以不同形式，公開贊成儒教是教說。到1999年，10余年間，有案可查的、明確支持“儒教是教”說的學者，加上任繼愈先生，共5人。

1999年、2000年，李申兩卷本的《中國儒教史》相繼出版。支持者認為這是“中國傳統文化研究領域里的哥白尼革命”，是“劃時代的著作”。反對者認為該書是“國家級的豆腐渣工程”，是不通訓詁、沒有讀懂古書的結果。激烈的爭論持續了近一年，零星的爭論至今仍然在進行。

圍繞《中國儒教史》爭論的結果，是更多的人接受了儒教是教說。其標志性的事件：一是國際儒學聯合會與上海師范大學、中國社會科學院世界宗教研究所合作，召開了“儒學、儒教和宗教”的學術討論會；二是中國社會科學院世界宗教研究所成立了“儒教研究中心”，國家宗教事務局局長參加了成立中心大會，表示國家最高的宗教研究機構和宗教管理機構，都正式承認了儒教作為宗教在中國歷史上的存在；三是這個“宗教藍皮書”，正式把儒教作為中國最重要的傳統宗教加以研究和介紹。