1951年為響應中央發出的《關于動員參加一九五一年全國足球比賽大會的通知》和華東區發出的《關于舉行1951年華東足球比賽大會的通知》，華東教育部及上海市各人民團體，于10月6日召開聯席會議，討論籌備選拔本市足球代表隊參加華東足球比賽事宜。此后，組成上海市足球集訓隊。由上海市多部委成立的上海市選拔委員會按照規定的技術、體格、生產、學習、作風五條標準，經過慎重審議的選拔，于11月1日產生了新中國成立后的第一支上海市足球代表隊，包括16名運動員（職工9人、學生6人、市民1人，平均年齡25歲）和領隊、指導各1人，共18人。隨即上海隊以東道主的身份參加比賽，并以七戰全勝進51球不失1球的成績，獲得了華東區足球比賽大會的冠軍。同年12月，以上海隊為班底組建的華東區隊參加了在天津舉行的全國足球比賽大會，6勝1負獲得亞軍。
1953年2月9日，在華東區第二次足球比賽大會決賽中，上海隊7-2戰勝江蘇隊，以三戰全勝的成績獲得冠軍。同年2月底至3月初，以上海隊為班底組建的華東區隊參加了在上海舉行的全國足球比賽大會，4勝1負獲得亞軍。
1951、1953年舉行了兩屆全國足球比賽，上海市、華東區也連續兩年經過比賽選拔，在產生了上海市和華東區足球代表隊（均由黎寶駿擔任指導）的基礎上，上海足球隊開始由業余向專業體制轉換。
1953年9月20日，中華全國體育總會華東總分會體育訓練班（華東體育訓練班）在上海成立，設足球等6個隊，開始對運動員進行全脫產的訓練，至年底，正式成立了華東體育訓練班足球隊（上海市足球隊前身）。這是上海第一支專業足球隊，首批19名隊員中來自上海的有15人，其余4人來自江蘇。上海專業足球隊第一任指導（教練）何家統，采用匈牙利“四前鋒”的打法，強調勇猛、快速的風格，隊員的體力和技術水平均有較大提高。
1954年2月，當時世界足球強國匈牙利的國家混合隊應國家體委之邀請來華訪問，華東區有迎戰任務。華東體育當局洞察華東體訓班足球隊實力單薄，于1月底指令華東體訓班隊與上海工人隊合并，挑選最佳強陣容，組成華東混合足球隊應戰，指導為何家統、張邦綸、孫錦順。匈牙利隊在滬三戰，3-0勝華東混合隊、8-1勝中央體院隊（即國家隊）、9-0勝八一隊，使中國足球運動員大開眼界，學習了世界先進的技戰術。
1954年10月26日，華東體訓班建制撤銷，華東體訓班足球隊改名為華東體育學院競技指導科足球隊，當月代表華東區隊參加全國足球聯賽并獲亞軍。
1955年9月17日，華東體院隊作為上海青年混合隊以2-2戰平訪滬的朝鮮青年隊。同年11月6日，華東體院隊首次以上海隊名義作賽，在上海江灣體育場0-3負于來訪的蘇聯勁旅列寧格勒澤尼特隊。
1955年2月，由張邦綸擔任指導的上海隊（即上海工人隊）參加全國大中城市足球分區錦標賽，以5勝1負的成績獲上海賽區亞軍，取得了參加1956年首屆全國足球錦標賽的資格（首屆賽制規定參賽運動員的資格必須是全國足球聯賽以外的非集訓隊員，即業余運動員）。
1955年全國足球聯賽，華東體院隊獲第六名。
1956年3月，華東體院隊改名為上海體育學院競技指導科足球隊。體院隊在國際友誼賽中一般多以上海隊的名義出戰。
1956年6月，由孫錦順擔任指導的上海隊（22名隊員來自產業、教育和衛生系統）參加全國足球錦標賽，小組賽3勝1負，在3個組第一名的單循環決賽中3-1戰勝天津隊、4-1戰勝北京隊，積分最高，最終為上海獲得了新中國成立后的首個全國冠軍。
1956年第一屆全國足球甲級隊聯賽，上海體院隊獲亞軍。
1956年底，上海隊應邀訪問柬埔寨，在金邊的三場比賽2勝1負。
1957年為了培養后備力量又成立了上海白隊（1959年改稱上海二隊）。
1957年7月至8月，國家體委派遣上海體院足球隊代表中國青年隊赴莫斯科參加第六屆世界青年聯歡節及第三屆國際青年友誼運動會，在分組預賽以11-1勝黎巴嫩、3-0勝芬蘭獲第二名，取得決賽權。賽后前往波蘭訪問。由于接連兩次出國，部分隊員認為“出過國了，可以掛足球鞋了”，隊伍開始松散，訓練水平下降，致使1957、1958年全國甲級聯賽處于降級邊緣。經過整頓，調整充實了力量，才保住了甲級隊資格（1957年排名第八，1958年排名第七）。
1958年起，上海體院隊正式改稱上海市足球隊，在參加當年全國甲級聯賽等比賽時則稱上海紅隊。1958年10月，朱家錚接替何家統出任上海隊教練。同年11月，上海市體育運動委員會將上海紅隊、白隊、工人紅隊和紅旗隊的優秀隊員混合組成上海聯隊備戰1959年首屆全國運動會，隊伍以原上海紅隊為主。
1959年1月，上海體委為更好的推動工廠足球運動的開展，將在當年沒有正式比賽任務的上海紅隊下放到長寧區國營第一機械廠，球隊可代表原甲級隊，并同時可代表區、廠對外比賽。2月起，上海聯隊以上海一隊或上海隊的名義參加各項比賽。1959年第一屆全運會，上海隊小組未出線，只取得第七名。同年年底，包瀛福接替朱家錚出任上海隊教練，孫錦順擔任技術顧問。
1960年全國足球甲級隊聯賽，上海一隊獲得第三名。
1961年全國足球甲級隊聯賽，在決定總名次的第二階段中，上海隊1-1平天津、1-1平八一、1-1平北京青年、5-0勝遼寧青年、2-0勝上海青年、6-1勝遼寧、4-1勝吉林、5-1勝四川，積13分為上海最早奪取中國足球最高級別聯賽的冠軍。
1962年全國足球甲級隊聯賽，在決定前11名的第二階段北京賽區中，上海隊0-0平北京體院一隊、3-2勝八一、0-1負遼寧、2-1勝天津、3-0勝吉林、1-4負廣東、6-2勝上海工人、2-0勝南京部隊、3-1勝京鐵、4-0勝陜西、1-1平湖北，積15分蟬聯冠軍。
1963年全國足球聯賽，上海隊在上海賽區的比賽中8戰5勝1平1負取得第一名，同年應邀訪問越南，五場比賽取得3勝1負1平。由于出訪越南，沒有參加聯賽第二階段的比賽。
1964年全國足球甲級隊聯賽，上海隊僅負于國家隊1球，獲得亞軍。
1965年第二屆全運會，上海隊以10勝3平3負的成績獲得亞軍。
1966年應邀訪問伊拉克、敘利亞、科威特三國，十二場比賽取得10勝1負1平。1966年“文化大革命”開始后，上海足球是重災區，足球競賽和訓練處于癱瘓狀態。直至1970年，在周恩來總理的關懷下，專業隊才開始有限的比賽、訓練。由于當時原上海隊的主力球員基本上仍保留在隊里，經過訓練恢復了體能，仍保持了上海隊整體技戰術打法的特點風格。1970年在廣州舉行的文革后第一次全國24城市足球隊集訓賽，取得第1組的第三名。1971年在上海舉行的全國足球集訓賽，取得分區第二名。
1972、1973年，上海隊僅剩的30余名隊員通過國家體委組建的集訓比賽，恢復了體能、提高了技術與戰術水平。1972年出訪斯里蘭卡、阿富汗、巴基斯坦，比賽十場取得全勝。1973年全國足球聯賽，上海隊獲得亞軍。
1974年全國足球聯賽第一階段南昌賽區獲第一名，第二階段因出訪非洲，未參加決賽。出訪赤道幾內亞、達荷美、多哥、加納非洲四國，比賽六場2勝2平2負。在1973、1974年外國球隊來訪的十一場比賽中，取得6勝3平2負的成績。
1974年在“體育革命”、“三七開”的左傾錯誤影響下，從文革中保留下來的老隊員再次離隊，上海隊的水平大幅度下降。1975年第三屆全運會小組未能出線。
1976年文革結束后，上海隊以年輕隊員為主，訓練作風、技術水平均無明顯改變。1977、1978、1979年全國足球甲級隊聯賽，上海隊的名次一直徘徊在第12、第10、第9名。1979年第四屆全運會，先后戰勝遼寧隊和八一隊，取得第五名。1977年到1980年，在來訪和出訪的22場國際比賽中，取得11勝5平6負的成績。
1980年在全國甲級聯賽中排名第十三降為乙級隊（當年全國甲級聯賽16隊，降最后4隊，即13-16名），被上海體委直接解散。上海隊降級以后，引起了領導重視和群眾的關注，在布隆迪執行援非任務的方紉秋回國出任主教練。經過調整隊伍，加強實力，固定陣容，明確打法，并采取思想政治教育和物質鼓勵相結合，邀請荷蘭足球專家來滬訓練，提高訓練質量等辦法，加強上海隊各方面的建設。加之上海青年隊獲全國冠軍，有一批年輕的后備力量，使上海隊實力得到逐步增強，終于1981年重新晉升甲級隊。1981年，王后軍擔任執行主教練，協助方紉秋工作。
1982年全國足球甲級隊聯賽，上海隊獲得第四名。
1983年受全運會影響，全國足球甲級隊聯賽分為南北兩個賽區，上海隊取得南賽區第三名。1983年第五屆全運會足球決賽，上海隊與廣東隊在常規時間內以0-0戰平，通過點球上海隊總比分5-4獲勝，獲得冠軍。全運會奪冠后，方紉秋教練由于年齡原因，逐漸退出了一線工作。1984年，王后軍升任上海隊主教練。
1984年在全國甲級聯賽中獲第四名。同年中國足協杯三、四名決賽，上海隊與天津隊兩回合分別以1-1和0-0戰平，通過點球上海隊總比分6-5獲勝，獲得季軍。
1985年在全國甲級聯賽中名列第六。同年中國足協杯三、四名決賽，上海金星隊4-3戰勝廣州白云隊，獲得季軍。同年首屆“上海杯”國際友好城市足球邀請賽決賽，上海隊經過加時賽以2-0戰勝荷蘭鹿特丹隊，最終四戰全勝獲得冠軍。
1986年，上海隊在全國甲級聯賽中名列第五。球隊前鋒柳海光以34個進球榮獲該屆甲級聯賽的金靴獎。同年第十五屆泰國“王后杯”國際足球邀請賽，上海隊在決賽中4-1戰勝丹麥哥本哈根隊，最終以8勝1平進25球的成績獲得冠軍。
1987年2月8日，上海鳳凰隊赴廣東省興寧縣參加第二屆全國優秀足球隊邀請賽，在三輪比賽中3-0勝北京隊、3-2勝八一隊、2-1勝廣州隊，最終獲得冠軍。同年3月29日，在上海市體委和香港足球總會的努力下，停辦近四十年之久的傳統賽事“滬港杯”足球賽（1908年-1948年）得以重新舉行，上海隊在上海江灣體育場4-1戰勝香港隊，獲得新中國成立后的首屆滬港杯冠軍。同年第二屆“上海杯”國際友好城市足球邀請賽，上海隊在決賽中2-0戰勝日本大阪隊，獲得冠軍。
1987年全國足球甲級隊聯賽，上海鳳凰隊積20分獲得季軍。
1987年第六屆全運會，上海隊未能進入復賽，只取得第10名。
1988年，上海桑塔納隊在全國甲級聯賽中名列第六，晉升翌年賽制改革后的的甲級隊A組。球隊前鋒唐全順以14個進球榮獲該屆甲級聯賽的金靴獎。球隊守門員張惠康榮獲同年的中國足球金球獎。上海隊球員柳海光同年加盟南斯拉夫貝爾格萊德游擊隊，成為中國足球歷史上首位出國踢球的前鋒。翌年年初，上海桑塔納隊應邀赴蘇聯參加列寧格勒國際友好城市足球邀請賽，共賽四場，一平三負。
1989年的全國足球甲級隊A組聯賽，神州上海隊積25分獲得季軍。同年的滬港杯賽，上海隊在上海虹口體育場1-0擊敗香港隊，獲得冠軍。
1990年的甲A聯賽，神州上海隊積26分獲得第四名。上海隊球員朱有宏以6個進球榮獲該屆甲A的金靴獎
1991年的甲A聯賽，上海申花隊積16分獲得亞軍。同年的滬港杯賽，上海隊在上海江灣體育場1-0擊敗香港隊，獲得冠軍。1991年12月5日，在南寧舉行的全國足球優勝者杯錦標賽決賽中，上海申花隊憑借李曉的進球以1-0戰勝廣州白云隊，獲得冠軍。
1992年5月，上海愛克發隊應邀訪問菲律賓，在馬尼拉三戰全勝，獲得由菲華體育總會主辦的首屆城市足球邀請賽冠軍。同年5月24日的滬港杯賽，上海隊在香港旺角大球場1-0擊敗香港隊，獲得冠軍。
1992年的甲A聯賽，上海愛克發隊積14分列第五名。
1992年底到1993年初，中國足球協會在廣東省六市一鎮舉辦了有遼寧、廣州、大連、八一、北京、上海、廣東、佛山等八支球隊參加的全國優秀足球隊集訓。集訓期間，作為開展職業聯賽前的探索，在珠江三角洲八個體育場舉行了首屆全國足球甲A錦標賽的主客場角逐。這次錦標賽分兩個階段進行，一共十輪，所有場次均需決出勝負，主場設在東莞市的上海愛克發隊最終以4勝6負的成績名列第七。
1993年受第七屆全運會足球比賽影響，甲A聯賽暫停一年，上海隊最終獲得這屆全運會的第六名。5月應邀訪問菲律賓，以4勝1平的成績獲得菲律賓杯國際足球邀請賽冠軍。同年8月以上海聯隊的名義參加了第三屆上海國際足球錦標賽，獲得亞軍。11月7日至9日，上海愛克發隊參加了在虹口體育場舉行的三角國際足球邀請賽，最終三戰全勝獲得冠軍。之后，以專業體制的上海足球隊為基礎，上海開始籌建中國第一個與體委完全脫鉤、由企業自主管理的足球俱樂部。
1984年到1993年，隊伍經過調整和補充，上海隊主教練王后軍制定了“在穩固防守基礎上的快速反擊”戰略，場上指揮以靈活多變著稱。這一時期，上海隊在全國甲級聯賽中一直保持在三至六名，1991年獲甲A聯賽亞軍和優勝者杯（足協杯）冠軍。隊中先后涌現了鄭彥、柳海光、張惠康、秦國榮、林志樺、鞠李瑾、陳偉、蔡建林、范志毅、李曉、成耀東等13名國家隊隊員。上海在這一階段開始對專業足球體制進行探索改革，以體工隊為主，采取企業贊助、“官辦民助”的辦隊形式，上海電視機一廠、上海自行車三廠、上海大眾汽車有限公司、廣東神州燃氣用具有限公司、上海三靈電器總廠（上海申花集團前身）、愛克發·吉華集團等六家企業相繼冠名贊助上海市足球隊，改善了訓練競賽條件，打破了體委獨家辦優秀隊的格局。
1993年末，上海足球隊與市體委脫鉤，由上海申花（集團）公司接管。
1993年12月10日，上海申花足球俱樂部注冊成立，由申花集團出資，黃浦區與申花集團聯合創辦。12月12日，申花足球俱樂部在虹橋賓館舉行了成立大會，市委副書記陳良宇、副市長龔學平、市體委主任金永昌、俱樂部董事長郁知非、總經理孫春明、總教練徐根寶（首任主教練）等參加了成立大會。俱樂部具有法人資格，是中國足協注冊會員制單位，實行董事會領導下的總經理負責制。這是中國第一支由企業直接負責的，脫離體委的職業足球懼樂部。原上海市足球隊成員部分轉入申花足球隊。徐根寶重組了以新秀為主的隊伍，并率隊參加職業化后的全國足球甲A聯賽。在徐根寶的帶領下，被稱為“激情之旅”的上海申花隊形成了“搶逼圍”的風格，對當時的中國足壇帶來了很大的沖擊。
1994年的甲A聯賽，上海申花以10勝6平6負的戰績，獲得聯賽季軍。當年年底，申花在友誼賽中1-0擊敗訪滬的德甲勁旅凱澤斯勞滕。
1995年的甲A聯賽，上海申花創下了十連勝的記錄，并最終以22戰14勝4平4負積46分的成績，奪得聯賽冠軍。球隊隊長范志毅在聯賽中表現出色，打進15球，榮獲該屆甲A的金靴獎和中國足球先生獎。球隊主帥徐根寶榮獲該屆甲A的最佳教練獎。當年的滬港杯足球賽，球隊在上海虹口體育場2-0戰勝香港聯賽選手隊，獲得冠軍。此外，在當年的中國足協杯和中國足球超霸杯賽場，上海申花隊同樣有所斬獲。1995年足協杯決賽，上海申花在南京五臺山體育場0-2負于濟南泰山，獲得亞軍。1995年超霸杯決賽，聯賽冠軍上海申花坐鎮虹口體育場1-0擊敗了足協杯冠軍濟南泰山，奪得冠軍。當年年底，申花參加了首屆全國室內五人制足球錦標賽，在20支球隊中脫穎而出獲得冠軍，最終成就“四冠王”。此外，申花還涌現出申思、吳承瑛、謝暉、朱琪、祁宏等一批優秀年輕球員，這批球員不僅坐穩了申花的主力，還先后入選了中國國家男子足球隊。
1996賽季，上海申花引進了隊史上第一位大牌外援、前法國國腳克里斯蒂安·佩雷斯。賽季末，申花以10勝9平3負積39分的戰績，獲得聯賽亞軍。同年的滬港杯賽，申花隊在客場3-2擊敗香港隊，獲得冠軍。同年申花首次征戰亞洲俱樂部冠軍杯，第一輪首回合坐鎮主場7-1大勝香港快易通隊，創下了申花在洲際比賽中的最大凈勝球紀錄。同年申花代表中國隊參加了第三屆世界室內足球錦標賽，在預賽中三戰全勝奪得東亞區冠軍，年底還參加了在西班牙舉行的決賽階段比賽。
1997賽季，上海申花聘請保加利亞人斯托伊科夫作為球隊主帥，聯賽9輪后因戰績不佳將其解聘。隨即申花聘請前波蘭國家隊主教練安杰依·斯特雷勞作為球隊主帥。盡管有客場1-9負于北京國安的慘痛經歷，但在賽季末，申花仍以11勝7平4負積40分的戰績，獲得聯賽亞軍。同年申花在中荷足球對抗賽中1-0擊敗訪滬的荷甲豪門費耶諾德。同年的滬港杯賽，上海申花在主場3-1戰勝香港南華，獲得冠軍。同年的中國足協杯決賽，上海申花作客北京工人體育場，以1-2負于北京國安，獲得亞軍。
1998年，由于虹口體育場改建，球隊該年將主場遷至八萬人體育場。年初，申花俱樂部同巴西的圣保羅足球俱樂部結成友好關系，并花費四百萬美元在巴西圣保羅建立了青少年足球培訓基地。聯賽開始前，申花參加了在上海舉行的遠東俱樂部杯，獲得第四名。聯賽11輪后，球隊主教練安杰依因戰績不佳被解聘。為了幫助申花取得優異成績，圣保羅俱樂部委派了三名高水平的巴西外援到申花效力。此后，圣保羅的前任主帥墨里西·拉馬爾霍也來到申花執教，使得申花的打法開始向技術型足球風格過渡。同年8月13日，球隊核心范志毅轉會加盟英格蘭足球甲級聯賽的水晶宮隊。賽季末，上海申花以11勝12平3負積45分的戰績，獲得聯賽亞軍。同年的中國足協杯，上海申花在決賽中以兩回合總比分4-2戰勝遼寧天潤，獲得冠軍。同年的滬港杯賽，申花隊在客場1-0擊敗香港隊，獲得冠軍。
1999年，上海申花隊聘請巴西名帥塞巴斯蒂奧·拉扎羅尼出任主教練一職。年初的超霸杯比賽中，上賽季足協杯冠軍上海申花在綿陽市體育場以3-0戰勝了上賽季聯賽冠軍大連萬達，獲得冠軍。此后，由于主教練拉扎羅尼與俱樂部、球員之間沒有形成良好的溝通，俱樂部過多干預主教練工作，導致球隊成績大幅下降，最終僅以9勝11平6負積38分的戰績名列聯賽第五位。同年球隊參加第九屆上海國際足球錦標賽，獲得亞軍。同年的滬港杯賽，申花隊在主場3-2戰勝香港隊，獲得冠軍。賽季末，申思、朱琪、區楚良、劉軍、毛毅軍等主力隊員紛紛提出轉會。此外，當年按照上海市政府要求，上海申花集團分成國有控股的兩大板塊，即體育版的上海申花足球股份有限公司（上海申花足球俱樂部）和工業板塊的上海申花電器企業發展有限公司，兩者共用申花品牌，各自獨立運營。
2000年1月，上海申花聘請南斯拉夫名帥柳普科·彼德洛維奇擔任球隊主教練，謝暉當月從申花轉會加盟德國足球乙級聯賽的亞琛隊。2000年賽季開始前，俱樂部所有權發生了重大變更，原先的投資方上海申花集團退出，上海新世界集團有限公司、上海巴士實業股份有限公司、上海久事公司、上海申能集團有限公司、上海國際信托投資公司、上海華生化工有限公司、上海新高潮公司等七家上海大型國有企業共同參股組建了新的上海申花股份有限公司（下設申花足球俱樂部、申花發展有限公司、申花廣告有限公司、申花足球總會等經營實體）。由于新股東認為“申花”的名稱擁有巨大的無形資產，新組建的公司保留了“申花”的名稱，但原申花集團一分未占，實際上已退出了新集團的決策層。新的上海申花股份有限公司董事長由董事會選舉上海市黃浦區人大常委會副主任陳希安擔任，巴士公司老總王力群任副董事長，郁知非被董事會任命為新申花的總經理。
2000賽季，上海申花以14勝8平4負積50分的戰績，獲得聯賽亞軍。
2001年初，上海申花聘請前南斯拉夫國家隊主教練伊利亞·佩特科維奇作為球隊主帥，并以550萬元人民幣的轉會費引進了前甲A最佳射手、中國足球先生曲圣卿。2001年3月1日，托普集團以250萬美元購買了申花的副冠名權，球隊當年更名為上海申花托普隊。賽季末申花15勝3平8負積48分，與遼寧隊同分，因互相勝負關系占優，獲得聯賽亞軍。賽季結束后，球隊將訓練基地從江灣體育場遷入歷時三年建成竣工的康橋基地。
2001年12月19日，由上海廣電（集團）有限公司、上海文化廣播影視集團、上海市黃浦區國有資產總公司等三家單位對原上海申花足球俱樂部有限公司進行重組成立的“上海申花SVA文廣足球俱樂部有限公司”、“上海申花SVA文廣足球俱樂部”，在上海國際新聞中心舉行成立大會暨揭牌儀式。球隊全稱上海申花SVA文廣足球俱樂部隊，球隊簡稱上海申花SVA。俱樂部成立后，申花重新聘請徐根寶出任主帥。此后，上海有線02足球俱樂部并入申花，留學巴西的上海申花青年隊亦學成回國，球隊補充了杜威、孫祥、王珂、殷錫福等年輕球員，但是球隊原有的核心申思、祁宏、吳承瑛等卻也先后轉會到升入甲A聯賽的同城對手上海中遠，上海足壇形成了兩強爭霸的局面。
2002年年初的中國足球超霸杯，上賽季聯賽亞軍上海申花以兩回合總比分3-1擊敗了上賽季聯賽和足協杯雙冠王大連實德，獲得冠軍。但在之后進行的甲A聯賽中，由于賽季前的隊伍調整，上海申花狀態有所回落，年初加盟的烏拉圭球星魯本·索薩也表現不佳。聯賽11輪后，主帥徐根寶因戰績不佳，被以“榮升總教練”的方式黯然下課。申花隨后任命助理教練吳金貴為新主帥。賽季末球隊以9勝5平14負的戰績，名列聯賽第12位。
2003年，申花俱樂部加大了投入，引進了約格·阿爾貝茨、德楊·佩特科維奇、張玉寧等球星。此外，杜威、于濤、孫吉、孫祥等年輕球員也逐漸成長起來，成為了球隊的主心骨。在主教練吳金貴的帶領下，上海申花以28戰17勝4平7負積55分的成績，力壓上海國際、大連實德等勁旅，奪取了該屆甲A聯賽的冠軍（后因足壇打黑風暴，于2013年2月被剝奪）。吳金貴與申花外援阿爾貝茨分獲該屆中超最佳教練獎和最佳球員獎，申花外援索爾·馬丁內斯與沈陽金德的阿尤、深圳健力寶的李毅三人以14個進球一起獲得該屆中超最佳射手獎。
2004年，球隊遭遇了一系列的動蕩。年初由于原球隊主帥吳金貴出任國家隊助理教練一職，申花狀態回落，在參加東亞足球協會舉辦的A3聯賽中未嘗一勝，亞足聯冠軍聯賽的征程同樣草草收場，在蕪湖舉行的超霸杯也以3-4負于北京現代。同年3月，俱樂部聘請了英國籍教頭霍華德·威爾金森出任球隊技術總監并履行主教練一職，并與其簽訂了3個月 7個月的工作合同。在威爾金森的帶領下，李大維、王珂等小將在一系列比賽中表現出色，但在履行完3個月的工作合同后，威爾金森于首屆中國足球協會超級聯賽開幕之前被申花俱樂部解聘。此后，球隊助理教練賈秀全出任代理主教練。同年6月，申花在國際足球對抗賽中2-0戰勝來訪上海的AC米蘭。同年10月，帶隊戰績平平的賈秀全被球隊解聘。盡管俱樂部嘗試亡羊補牢，找來俄羅斯人瓦列里·涅波姆尼亞奇出任主教練，原主帥吳金貴也回到申花出任俱樂部副總經理，但是為時已晚，賽季末球隊僅以4勝10平8負的戰績，位列聯賽倒數第三。
2005年，球隊留任了俄羅斯籍主帥涅波。同年謝暉重返申花，在中超聯賽中表現出色，打進14粒進球。同年的滬港杯賽，上海申花在客場1-0擊敗香港杰志，獲得冠軍。賽季末球隊以26戰15勝8平3負的成績，獲得聯賽亞軍。
2006年，吳金貴重新回到主教練的崗位上，伊萬·尤萬諾維奇、卡斯滕·揚克爾等強援也相繼加盟申花。同年的滬港杯賽，上海申花隊在主場1-0戰勝香港澎馬流浪隊，獲得冠軍。同年的亞冠小組賽，因同一組的兩支球隊（泰國省電力局和印尼坡西普拉）賽前棄權，上海申花在主客場兩勝越南隆安后，歷史上首次闖入亞冠八強。但球隊在中超聯賽中卻最終功虧一簣，以28戰14勝10平4負積52分的成績，獲得聯賽亞軍，依然與冠軍失之交臂。
2007年1月，球隊主力孫祥以租借的方式加盟荷甲豪門埃因霍溫。同年2月，上海灘足球資源重組，第九城市董事長朱駿收購了申花28.5%的股份，獲得了俱樂部的經營權，并將上海申花SVA文廣足球俱樂部與其名下的上海聯城足球俱樂部合并，組建了新的“上海申花隊”。原上海聯城主帥、烏拉圭人奧斯瓦爾多·吉梅內斯取代吳金貴，出任球隊主教練一職。同年6月，上海申花參加了在濟南舉行的東亞A3聯賽，并且力壓韓日球隊和山東魯能，成為首支奪得A3聯賽冠軍的中國足球俱樂部。同年8月，申花應邀赴荷蘭鹿特丹參加港口杯賽，0-2負利物浦（朱駿代表申花首發出場），0-3負波爾圖。在之后的中超聯賽中，成績不佳的吉梅內斯中途下課，吳金貴重新出任代理主教練一職，帶領球隊取得了聯賽第四的成績。2007年年末，朱駿宣布吳金貴為2008賽季上海申花的主教練。
2008年1月，上海申花隊在香港大球場進行的滬港杯足球賽中，以2-1擊敗香港南華隊，自職業化以來第八次捧得這項百年傳統賽事的冠軍。同年2月，俱樂部正式更名為“上海申花聯盛足球俱樂部”。同年3月，申花參加了在崇明根寶足球基地舉行的上海足球錦標賽，獲得冠軍。同年5月，盡管申花在上海“菲亞特杯”三方國際巡回賽中獲得亞軍（0-1帕爾馬，2-1尤文圖斯），但球隊在中超聯賽中依舊未能有所突破。同年9月，吳金貴被球隊解聘，賈秀全出任球隊執行教練。之后球隊戰績一度有所起色，但在聯賽尾聲階段分別以4-4與2-2的比分接連被遼寧宏運和浙江綠城逼平，最終以17勝10平3負積61分的戰績落后榜首兩分，獲得聯賽亞軍，再次與冠軍擦肩而過。
2009年，球隊留任了主帥賈秀全。末戰2-1擊敗長沙金德之后，由于積分和山東魯能、天津泰達相同，在計算小分之后不敵山東魯能，僅列該賽季中超第5位。同年12月，俱樂部以100萬歐元的年薪聘請克羅地亞名帥米洛斯拉夫·布拉澤維奇擔任主教練。
2010賽季，上海申花以14勝6平10負積48分的成績，獲得聯賽季軍。2010年5月26日，上海申花主場1-0戰勝深圳紅鉆，成為了繼大連實德后中國職業聯賽第二支獲得200場勝利的俱樂部。此外，申花外援杜維爾·里亞斯科斯憑借在28場聯賽中打入20球的出色表現，包攬了該賽季的中超最佳射手及最佳球員兩項大獎。
2011賽季，上海申花狀態下滑。年初的亞冠聯賽中，球隊以2平4負的成績墊底出局，并創造了中國球隊征戰亞冠小組賽的最差戰績。之后的中超聯賽，申花以30戰11勝4平15負的成績，名列第11位。
2012賽季，球隊請來了前切爾西球星尼古拉·阿內爾卡和迪迪埃·德羅巴，并在賽季中段任命阿根廷名帥塞爾吉奧·巴蒂斯塔為球隊主教練，吸引了全國球迷的關注。但限于球隊的經濟壓力和較低的本土球員實力，該賽季球隊僅以8勝14平8負的戰績，名列聯賽第9位。由于受到欠薪事件的影響，球隊在該賽季一度傳出“罷訓”，而賽季結束后包括阿內爾卡和德羅巴在內的多名主力球員也離開了球隊。
2013賽季，由于足壇打黑風暴的處罰，上海申花在聯賽開幕前被扣除了6個聯賽積分。但在球隊主帥巴蒂斯塔中途離去、主力球員大面積流失、且外界普遍不看好的情況下，球隊打出了“申花精神”，上演了多次逆轉好戲，其出色表現被媒體冠以“惹不起”的稱號。賽季末，上海申花以11勝11平8負積38分的成績，名列聯賽第8位（若在不扣除6個積分的情況下，排名可上升至第四）。2013年年末，一度有傳言稱球隊將搬遷至云南，并入主云南紅塔足球基地，但由于上海市體育局和俱樂部其它五大股東的反對，這一計劃最終未能成行。
2014年1月30日，上海綠地集團以2億人民幣的價格，從原投資人朱駿的手中收購了上海申花聯盛足球俱樂部，隨后將俱樂部更名為“上海綠地足球俱樂部”，球隊名稱更改為上海綠地申花隊，簡稱上海綠地隊。盡管俱樂部對球隊進行大力注資，但由于“更名事件”引發原申花球迷普遍不滿，球隊在比賽中遭到了大量球迷的現場集體倒戈。賽季中段，為緩解壓力，綠地俱樂部承諾將在次年把“申花”二字加回俱樂部名稱中，并返聘原主帥巴蒂斯塔，引進了保羅·恩里克、盧卡斯·比亞特里等強援，球隊戰績一度有所起色，并提前保級成功，但在經歷了聯賽主場0-3首負北京國安、足協杯兩回合0-5完敗江蘇舜天等失利后，球隊最終僅積35分名列聯賽第九位。同年12月，球隊聘請法國人弗蘭西斯·吉洛出任主教練一職。
2015年1月4日，綠地集團完成了對俱樂部的收購，并將俱樂部名稱更名為“上海綠地申花足球俱樂部”。賽季開始前，俱樂部獲得日本三菱重工集團的贊助，引進蒂姆·卡希爾、帕帕多普洛斯、王赟、呂征、鄧卓翔等內外援，力求在球隊戰績上取得突破。賽季初，球隊表現出了強大的攻擊實力，三連勝的開局使得球隊時隔近5年首次登上聯賽榜首位置。但球隊在第4輪客場負于北京國安，終止了連勝的腳步。由于受到傷病和板凳深度不足的困擾，球隊狀態漸入低迷，5月初的中超聯賽更是接連以0-3和0-5慘敗于廣州恒大和上海上港，其中在客場對陣上港的比賽中，申花還被罰下三名球員。賽季中段，申花引進了登巴·巴和穆罕默德·西索科兩名強援，球隊在攻防兩端實力得到進一步提升，一度在下半賽季初期迎來三連勝，登巴·巴更是在10月的兩場比賽中接連完成“帽子戲法”。。賽季末，球隊積42分，獲得聯賽第六名。同年的中國足協杯，申花取得佳績，在相繼淘汰梅州客家、青島中能、上海上港和北京控股足球俱樂部后，事隔十七年再次闖入決賽。在11月的足協杯決賽中，上海綠地申花首回合客場0-0戰平江蘇舜天，第二回合主場在加時賽被對手一球絕殺，連續兩個賽季被江蘇隊淘汰，獲得亞軍，登巴·巴榮膺該屆賽事MVP和最佳射手獎。足協杯失利當晚，球隊主帥吉洛在新聞發布會上宣布辭去申花主教練的職務。此后，俱樂部批準了吉洛的辭呈，并表示將進一步加大投入，明確2016賽季的目標為“保三爭冠”。同年年底，申花聘請西班牙人格雷戈里奧·曼薩諾擔任球隊主教練。
2016賽季，球隊獲得了中超聯賽第四名，創造了聯賽主場不敗的佳績，同時闖入足協杯四強，時隔五年重新獲得亞冠聯賽的參賽資格，完成了申花官方的賽季目標。2016年11月9日，申花官方發表公告，宣布與主帥曼薩諾解除合約。11月29日，烏拉圭人古斯塔沃·波耶特正式出任球隊主教練。12月29日，上海綠地申花足球俱樂部與博卡青年足球俱樂部達成轉會協議，阿根廷球星特維斯正式加盟申花。
2017賽季，上海綠地申花隊主帥波耶特于9月11日辭職，由技術總監吳金貴接任主教練。賽季末，球隊積35分，獲得聯賽第十一名。在11月的中國足協杯決賽中，申花以兩回合總比分3-3戰平上海上港，但憑借著客場進球的優勢，最終成功奪得足協杯冠軍并打進明年的亞冠正賽，曹赟定、馬丁斯分別獲得該屆賽事MVP、最佳射手獎。2017年11月27日，申花俱樂部正式宣布，和隊長、哥倫比亞國腳莫雷諾正式續約兩年，他也是申花隊史上效力時間最長的外援和聯賽進球最多的球員。
2018年3月，上海崇明根寶足球俱樂部1999-2000梯隊確認被上海綠地申花足球俱樂部整體收編。4月3日，上海申花主場被鹿島鹿角2-2逼平，提前一輪從亞冠小組出局，以4平1負的戰績無緣淘汰賽。2018賽季，球隊以10勝8平12負的戰績，名列聯賽第7位。12月25日，西班牙籍教練基克·弗洛雷斯正式出任上海綠地申花隊主教練。
2019年2月，前長春亞泰射手伊哈洛加盟申花。7月3日，上海綠地申花足球俱樂部正式宣布接受主教練弗洛雷斯的辭職申請。弗洛雷斯執教申花15輪比賽3勝3平9負，積12分，積分榜排名倒數第3。7月5日，俱樂部宣布韓國主帥崔康熙出任上海綠地申花隊主教練；同月，申花引進意大利球星艾爾·沙拉維和韓國高中鋒金信煜，并租借中國國奧隊球員李揚。賽季末，球隊積30分，獲得聯賽第十三名。12月6日，上海綠地申花主場3-0大勝山東魯能，以總比分3-1奪得足協杯冠軍，并獲得下賽季亞冠正賽資格。
2020年1月24日，申花俱樂部官宣秦升回歸，趙明劍加盟。2月3日，申花俱樂部官方宣布前國足隊長馮瀟霆、國門曾誠以及朱寶杰正式加盟球隊。11月18日，在卡塔爾多哈舉行的亞冠聯賽F組一場比賽中，憑借彭欣力和于漢超的進球，上海申花2-1戰勝珀斯光榮，時隔11年再次在亞冠取得勝利，同時也在與澳大利亞球隊的亞冠較量中首嘗勝果。12月3日，在多哈舉行的亞冠聯賽小組賽第六輪，上海申花1-4不敵蔚山現代，無緣亞冠淘汰賽。2020賽季，中超聯賽實行了賽會制，上海綠地申花最終排名第7位。
2021年2月8日，按照中國足協關于俱樂部名稱非企業化的相關工作要求，上海綠地申花足球俱樂部正式更名為上海申花足球俱樂部。8月7日，主教練崔康熙辭職，毛毅軍代理主教練職務。11月7日，申花于足協杯半決賽次回合1-1戰平海港，以2-6的總比分被對手淘汰，止步四強。
2022年3月，經上海申花足球俱樂部與吳金貴指導溝通并達成一致，吳金貴指導正式回歸并出任上海申花隊主教練一職，率隊征戰2022賽季各項比賽。4月，山東泰山球員李松益、長春亞泰門將石笑天加盟上海申花，但受注冊禁令影響而未完成注冊。6月20日，中超聯賽第5輪，上海申花2-0戰勝武漢長江，4勝1平保持不敗，當賽季前5輪拿到13分（4勝1平），刷新球隊在中超同期獲得積分最多的紀錄。6月26日，中超聯賽第6輪，上海申花2-1擊敗廣州隊，取得隊史中超第200場勝利，成為繼山東泰山、北京國安和廣州隊之后，第4支達到這一里程碑的球隊。7月3日，中超第8輪榜首大戰，上海申花隊2-4負于武漢三鎮，遭遇賽季首敗。7月12日，中超第10輪，上海申花2-2戰平武漢長江，以6勝3平1負的戰績鎖定首階段中超第4名。
2014年7月，上海綠地申花公布了新版的隊徽圖樣。新版隊徽分為上下兩部分。上半部分保留了傳統申花隊徽的盾形，并將申花歷史上的隊徽元素做了整合，象征著上海市花白玉蘭的盾形回歸2001年版，左上角保留了2009年版代表著不狂不放不申花的豹頭圖案；取消了灰色條紋，改為傳統的紅白藍三色條紋。上半部的英文字母SFC既表示“SHENHUA FOOTBALL CLUB（申花足球俱樂部）”，同時又代表著“SHANGHAI FOOTBALL CLUB（上海足球俱樂部）”；右下角英文SINCE 1993則代表著俱樂部成立于1993年。下半部分為象征著榮耀的綬帶，綬帶上的復古足球象征著申花隊的前身——成立于1951年的上海市足球代表隊的悠久歷史；綬帶上的英文“GREENLAND（綠地）”以及綠地集團司標寓意著申花足球隊在綠地集團的支撐下必將重塑輝煌。2021年11月23日，上海申花足球俱樂部今發布公告，宣布“上海申花”新版隊徽2022賽季正式啟用。
2008年3月，上海申花官方公布了球隊的新隊歌《藍色榮耀》以及MTV。該歌曲由時任申花俱樂部投資人朱駿填詞，音樂人彭程譜曲。該隊歌是上海申花球隊歷史上發布的第二首隊歌，而此前于2002年，上海申花曾推出了隊歌《快樂每一天》。
歌詞：
穿過載滿榮譽的路
穿過藍色的雨
穿過球場中的歡呼
穿過勝利弧度
我們把心靈寄托交給你
換來奇跡無數
我們把崇敬激情獻給你
桂冠永恒專注
穿過綠茵場的嚴酷
穿過荊棘滿路
穿過對手們的嫉妒
穿過沸騰溫度
我們把歡樂悲傷留給你
做你忠實擁護
我們用吶喊瘋狂跟隨你
戰斗從不停步
OLE申花OLE申花
藍色的血在流淌
奔向勝利的方向
OLE申花OLE申花
戰斗號角已吹響
踏定前進的步伐
OLE申花OLE申花
藍色的血在流淌
奔向冠軍的方向
OLE申花OLE申花
城市的尊嚴榮耀
捍衛我們的信仰
上海申花隊的主場為上海虹口足球場（Hongkou Football Stadium）。該球場位于上海市虹口區，可乘坐上海軌道交通3號線、上海軌道交通8號線抵達。虹口足球場的前身是建于1950年的虹口體育場，并于1999年改建成為中國大陸第一座專業足球場。球場總占地5.6萬平方米，建筑面積7.2萬平方米，共有22個看臺35000個觀眾席，以及大小兩種尺寸的47個包廂。此外，該球場曾舉辦過第一屆東亞運動會和2007年中國女足世界杯的比賽。
全國足球甲級隊聯賽冠軍（含前身）1961
全國足球甲級隊聯賽亞軍（含前身）1954、1956、1964、1973
全國運動會足球比賽冠軍1983
全國足球甲A聯賽冠軍1995
全國足球甲A聯賽亞軍1991、1996、1997、1998、2000、2001
中國足球協會超級聯賽亞軍2005、2006、2008
中國足球協會杯賽冠軍1991、1998、2017、2019
中國足球協會杯賽亞軍1995、1997、2015
中國足球超霸杯冠軍1995、1999、2002
中國足球超霸杯亞軍2004
中國足球協會超級杯亞軍2018
滬港杯足球賽冠軍1987、1989、1991、1992、1995、1996、1997、1998、1999、2005、2006、2008
中超國家隊貢獻獎2018
中國超聯賽青訓優秀俱樂部獎2019
A3聯賽冠軍2007
A3聯賽季軍2004
泰國王后杯冠軍1986
泰國王后杯季軍1991
中國十大足球俱樂部 NO.3
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