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截至2025年4月，南京醫科大學建有江寧校區、五臺校區和常州校區（籌）。學位授權點覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學7個學科門類，臨床醫學、藥理學與毒理學、分子生物學與遺傳學學科位列ESI全球排名前1‰。學校入選教育部基礎學科拔尖學生培養計劃2.0基地，國家級一流本科專業建設點占全校專業總數近八成，建有一大批國家級教學平臺和課程資源，獲國家級教學成果獎。學校招生、培養和就業工作廣受社會各界好評，畢業生執業醫師資格考試通過率位居國內同類院校前列，畢業生就業率始終保持在96%以上。

學校建有生殖醫學與子代健康全國重點實驗室、環境與人類健康國際聯合研究中心、腫瘤個體化醫學省部共建協同創新中心等50多個國家級、省部級重點實驗室（工程研究中心、創新中心）。擁有國內一流的醫學模擬教育中心和江蘇省醫藥動物實驗基地，建有省內唯一的省級衛生政策智庫—江蘇省健康研究院。學校積極面向生命健康領域的國家重大需求，組建了基礎科學中心、創新研究群體等重大科技創新團隊；承擔各類重大、重點國家科技計劃項目近百項；代表性研究成果在《自然》《科學》等頂級學術期刊發表，獲得了以國家自然科學二等獎為代表的一批國家級和省部級科研成果獎項。

學校堅持“開門辦學”，與各級政府，國內外高等院校、科研機構、社會團體等建立了形式多樣的聯系與合作。學校先后與美國、俄羅斯、加拿大、澳大利亞、瑞典、日本等國家和香港、澳門、臺灣地區的醫學院校或科研機構建立了良好的戰略合作和學術交流關系。

“十四五”期間，學校堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指引，聚焦一流學科、一流附屬醫院和一流辦學條件，凝心聚力、統籌施策、開拓創新、改革攻堅，努力建成特色鮮明的“雙一流”醫科大學。

南京醫科大學創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。

1993年12月3日，國家教委正式批準南京醫學院更名為“南京醫科大學”。

2003年9月，南京醫科大學江寧校區正式啟用。

2011年1月13日，南京醫科大學與江寧區人民政府合作共建南京醫科大學附屬明德醫院，南京醫科大學和江寧區人民政府將于江寧區共建一所新醫院。2016年2月教育部發文，香港邵逸夫基金會已同意向南京醫科大學捐資2億港幣，用于醫院的建設與發展，“南京醫科大學附屬明德醫院”正式更名為“南京醫科大學附屬逸夫醫院”。

2012年11月9日，入選第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校，承擔“五年制臨床醫學人才培養模式改革試點”一項改革試點項目。

2015年9月21日，江蘇省人民政府、原國家衛生計生委、教育部聯合發文，決定共建南京醫科大學，學校正式列入省部部共建高校。

2018年3月5日，江北新區與南京醫科大學舉行校地合作簽約儀式,將以南京市浦口醫院為基礎，共建南京醫科大學第四附屬醫院。3月23日，整合該校第一附屬醫院、附屬南京兒童醫院、南京婦幼保健院及第二附屬醫院的優質兒科醫療教學資源，在兒科學系基礎上成立南京醫科大學兒科學院。10月30日，南京醫科大學生物醫學工程與信息學院成立。

2020年7月8日，無錫市人民政府、南京醫科大學合作的南京醫科大學附屬無錫人民醫院揭牌，標志著無錫市人民醫院正式納入南京醫科大學直屬附屬醫院管理體系，成為南京醫科大學在寧外第一家直屬附屬醫院。8月31日，南京市疾病預防控制中心正式掛牌成為南京醫科大學附屬南京疾病預防控制中心。

2021年10月11日，入選江蘇高水平大學建設高峰計劃A類建設高校。11月29日，學校“基礎醫學拔尖學生培養基地”入選國家基礎學科拔尖學生培養計劃2.0基地。

2022年2月9日，入選教育部公布的第二輪“雙一流”建設高校及建設學科名單。

2023年8月18日，學校與常州市簽約共建南京醫科大學常州校區。

2024年7月5日，南京醫科大學第三附屬醫院揭牌儀式在常州市第二人民醫院陽湖院區舉行。

2025年4月3日，南京醫科大學與江寧區人民政府簽署深化合作共建協議。4月7日，貴州省衛生健康委與南京醫科大學簽署合作共建協議。

以上信息源自官網，數據截止至2025年4月，請以官網為準！