1976年5月，參加工作。
1978年，考入南通醫學院（現南通大學醫學院）醫學院臨床醫學專業，
1983年，從南通醫學院畢業，獲得學士學位。
1987年2月，加入中國共產黨。
1988年，從南京鐵道醫學院（現東南大學醫學院）畢業，獲得碩士學位，
1995年，從上海醫科大學（現復旦大學上海醫學院）畢業，獲得醫學博士學位。
1997年，首批入選“上海市衛生系統百名跨世紀優秀學科帶頭人培養計劃”。
1999年至2000年，以高級訪問學者身份赴美國匹茲堡大學移植中心從事肝移植及肝臟外科臨床研究。
2005年，入選“上海市醫學領軍人才培養計劃”及“上海市百名領軍人才培養計劃”。
2013年12月，擔任復旦大學附屬中山醫院院長、肝外科主任、復旦大學器官移植中心副主任、復旦大學上海醫學院腫瘤學系副主任、上海市肝腫瘤臨床醫學中心副主任。
2019年2月16日，在復旦中山廈門醫院成立樊嘉院士名醫工作室。
2016年10月，獲得何梁何利基金科學與技術進步獎。
2016年11月，獲得第九屆談家楨生命科學臨床醫學獎。
2017年11月，當選中國科學院院士，隸屬于生命科學和醫學學部。
復旦大學附屬中山醫院院長
復旦大學附屬中山醫院腫瘤防治中心主任
復旦大學肝癌研究所常務副所長
復旦大學器官移植中心主任
上海市肝腫瘤臨床醫學中心主任
上海市肝病研究所所長
中國醫師協會外科醫師分會肝臟外科醫師委員會主任委員
中國抗癌協會肝癌專業委員會前任主任委員
中國臨床腫瘤學會肝癌專家委員會副主任委員
第三屆中國抗癌協會醫院管理分會副主任委員
上海市醫學會外科專科分會主任委員
上海市醫學會腫瘤分會副主任委員
上海市抗癌協會副理事
上海市醫學會器官移植分會委員
中華醫學會腫瘤分會常委
中華醫學會腫瘤學分會主任委員
中華醫學會常務理事
中華外科學會肝臟學組委員
中國抗癌協會肝癌專業委員會副主任委員
中國抗癌協會常務理事
上海市抗癌協會副理事長
上海市醫學會腫瘤分會副主任委員
上海市醫學會器官移植分會委員
美國臨床腫瘤學會（ASCO）會員
美國臨床外科學會（SSO）會員及國際肝膽胰協會委員
《中華外科雜志》、《中華肝膽外科雜志》、《中華實驗外科雜志》《中華消化外科雜志》、《中國實用外科雜志》、《肝膽胰外科雜志》、《腹部外科雜志》、《外科理論與實踐雜志》、《肝膽外科雜志》、《消化外科雜志》、《中國臨床醫學雜志》等15本雜志副主編、編委
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