1969年,赴黑龍江生產建設兵團務農;
1975年,轉到河北省圍場縣;
1978年,考入河北大學經濟系;
1982年,考入中國社會科學院研究生系主攻西方經濟學;
1985年,畢業獲碩士學位后,又繼續考取博士研究生,6年間從師朱紹文教授,學習西方經濟學專業;
在攻讀博士學位期間,于1985-1987年期間赴美國哈佛大學及國民經濟研究局學習研究,系統地學習了哈佛大學經濟系研究生的專業課程;
1988年,獲中國社科院經濟學博士學位。同年進入中國社會科學院經濟研究所工作;
1992年,晉格為中國社會科學院研究員,被評為國家級有突出貢獻的中青年專家;
1992至1993年,任《經濟研究》編輯部主任;
1994至1995年,任經濟研究所副所長;
1995至今,任中國經濟改革研究基金會理事長及法人代表;
2006年至2010年,樊綱任中央貨幣政策委員會委員;
2012年,擔任綜合開發研究院理事會副理事長,院長;
2015年6月,再次入選央行貨幣政策委員會。
任中國經濟體制改革研究會副會長,中國改革研究基金會理事長,國民經濟研究所所長,中國(深圳)綜合開發研究院院長。兼北京大學、南開大學、中國社會科學院研究生院經濟學教授、匯名家網特約講師。
1991年和2005年,獲孫冶方經濟學優秀論文獎;
1992年,被破格晉格為中國社會科學院研究員,被評為國家級有突出貢獻的中青年專家;
2004年,被法國奧弗涅大學授予名譽博士;
2015年10月26日,中國經濟理論界的最高獎——中國經濟理論創新獎揭曉:以林毅夫研究組、張軍、樊綱為主要貢獻人的過渡經濟學理論,高票獲得第七屆中國經濟理論創新獎。