| 序號 | 機構名稱 | 機構等級 |
| 1 | 福建醫科大學附屬協和醫院 | 三甲 |
| 2 | 福建省立醫院 | 三甲 |
| 3 | 福建省婦幼保健院 | 三甲 |
| 4 | 福建省第二人民醫院 | 三甲 |
| 5 | 福建醫科大學孟超肝膽醫院 | 三甲 |
| 6 | 福建醫科大學附屬口腔醫院 | 三甲 |
| 7 | 福建中醫藥大學附屬康復醫院 | 三甲 |
| 8 | 福州市中醫院 | 三甲 |
| 9 | 福建省立醫院北院 | 三級 |
| 10 | 福建省福州兒童醫院 | 三級 |
| 11 | 福州市第一總醫院皮膚病防治院 | 三級 |
| 12 | 福州盤嶼中醫骨科醫院 | 二級 |
| 13 | 福州登特口腔醫院 | 二級 |
| 14 | 福州同道口腔醫院 | 二級 |
| 15 | 福州市第七醫院 | 二級 |
| 16 | 福建省級機關醫院 | 二級 |
| 17 | 福建省福能集團總醫院 | 二級 |
| 18 | 福建省建新醫院 | 二級 |
| 19 | 福州市鼓樓區醫院 | 二級 |
| 20 | 福州泌尿專科醫院 | 一級 |