| 序號 | 國家醫學中心類型 | 主體醫院 | 所屬高校 |
| 1 | 國家心血管病中心 | 中國醫學科學院阜外心血管病醫院 | 北京協和醫學院 |
| 2 | 國家癌癥中心 | 中國醫學科學院腫瘤醫院 | 北京協和醫學院 |
| 3 | 國家老年醫學中心 | 北京醫院 | / |
| 4 | 國家兒童醫學中心 | 首都醫科大學附屬北京兒童醫院 | 首都醫科大學 |
| 5 | 國家兒童醫學中心 | 上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心 | 上海交通大學 |
| 6 | 國家兒童醫學中心 | 復旦大學附屬兒科醫院 | 復旦大學 |
| 7 | 國家創傷醫學中心 | 北京大學人民醫院 | 北京大學 |
| 8 | 國家重大公共衛生事件醫學中心 | 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院 | 華中科技大學 |
| 9 | 國家呼吸醫學中心 | 中日友好醫院 | / |
| 10 | 國家呼吸醫學中心 | 廣州醫科大學附屬第一醫院 | 廣州醫科大學 |
| 11 | 國家口腔醫學中心 | 北京大學口腔醫院 | 北京大學 |
| 12 | 國家口腔醫學中心 | 四川大學華西口腔醫院 | 四川大學 |
| 13 | 國家口腔醫學中心 | 上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院 | 上海交通大學 |
| 14 | 國家神經疾病醫學中心 | 復旦大學附屬華山醫院 | 復旦大學 |
| 15 | 國家神經疾病醫學中心 | 首都醫科大學宣武醫院 | 首都醫科大學 |
| 16 | 國家神經疾病醫學中心 | 首都醫科大學附屬北京天壇醫院 | 首都醫科大學 |
| 17 | 國家傳染病醫學中心 | 復旦大學附屬華山醫院 | 復旦大學 |
| 18 | 國家傳染病醫學中心 | 首都醫科大學附屬北京地壇醫院 | 首都醫科大學 |
| 19 | 國家傳染病醫學中心 | 浙江大學醫學院附屬第一醫院 | 浙江大學 |
| 20 | 國家中西醫結合醫學中心 | 中日友好醫院 | / |
| 21 | 國家精神疾病醫學中心 | 北京大學第六醫院 | 北京大學 |
| 22 | 國家精神疾病醫學中心 | 首都醫科大學附屬北京安定醫院 | 首都醫科大學 |
| 23 | 國家精神疾病醫學中心 | 上海市精神衛生中心 | 上海交通大學 |
| 24 | 國家精神疾病醫學中心 | 中南大學湘雅二醫院 | 中南大學 |
| 25 | 國家精神疾病醫學中心 | 四川大學華西醫院 | 四川大學 |
| 26 | 國家骨科醫學中心 | 北京積水潭醫院 | 首都醫科大學 |
| 27 | 國家骨科醫學中心 | 上海市第六人民醫院 | 上海交通大學 |
| 28 | 綜合類國家醫學中心 | 復旦大學附屬中山醫院 | 復旦大學 |
| 29 | 國家中醫醫學中心 | 天津中醫藥大學第一附屬醫院 | 天津中醫藥大學 |
| 30 | 國家中醫醫學中心 | 河南中醫藥大學第一附屬醫院 | 河南中醫藥大學 |
| 31 | 國家中醫醫學中心 | 廣東省中醫院 | 廣州中醫藥大學 |
| 32 | 國家中醫醫學中心(藏醫) | 西藏自治區藏醫院 | / |
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