1989年,在賓夕法尼亞大學期間,曾獲得Shenck-Woodman歐洲旅行獎。
1991年,從賓夕法尼亞大學畢業后,先后在費城Ballinger及紐約KPF任設計師、高級設計師,成為這兩個建筑事務所的主要設計力量。
1995年,在紐約成立馬達思班建筑師事務所。
1997年,被Rem Koolhaas推薦參加在法國蓬皮杜藝術中心舉辦的題為"新世紀建筑的趨勢"的演討及展覽會,成為21位世界范圍內選擇出的青年建筑師中唯一的中國人。
2001年3月,在接待國際奧委會評估團對北京申辦2008年奧運會評估考察工作中,陳述了北京的城市發展原則、奧運村規劃等,為北京申奧成功做出了積極的貢獻。
2003年,與庫哈斯合作北京央視大廈和北京CBD核心區,對北京CBD核心區的規劃發展提出了自己的見解。
2006年12月,就職美國南加州大學建筑學院院長,這是南加大第一次聘請非美國籍人士擔任這一職位。
2018年,在平谷區發起了梯子峪村整村運營項目,創造“桃花塢PeachGrove”,以區域特色產業平谷大桃為切入點,通過推進“大桃種植+桃酒釀造+鄉村文旅”一二三產業的輸出,改善鄉居村容村貌,促進村民就業增收,推動鄉村文化復興。
2021年9月,田園創客實驗室首個實體“明熱爐膛”正式落成,結合田園生態與人文科技,打造了一處聚合鄉村美景和創新意識的青年社區。
父親的宅、井宇、鞍子園、天一廣場、三里屯SOHO、上海恒隆廣場、桃花塢、西安國際文化傳播中心、金灣啟城、嘉定圖書館、青浦圖書館、萬科VMO等
馬清運對于建筑學科的貢獻不僅體現在建筑的設計與建造,在相關的教育領域同樣起到了引領的作用。馬清運擔任南加州大學建筑學院院長期間,積極推動建筑教育的發展,為培養優秀的建筑人才做出了貢獻。同時,他也經常在國內外的高校擔任客座教授,傳授自己的建筑理念和經驗,對建筑行業內的學術交流起到了推動作用。他參與各種文化活動和綜藝節目,向大眾普及建筑知識和文化,讓更多的人了解和關注建筑行業,為建筑行業的發展營造了良好的社會氛圍。不僅是教育,馬清運也用他的建筑為中國鄉村振興道路貢獻了力量。在家鄉藍田,他通過建設《父親的宅》和玉川酒莊等項目,不僅為家鄉帶來了獨特的建筑景觀,還帶動了當地的經濟發展和文化傳承,為鄉村振興提供了一種新的思路和模式。
1991年,獲得Frank-Miles Day榮譽畢。
2010年,被美國《商業周刊》評為全球“最具影響力的設計師”。
2021年,憑借桃花塢田園社區項目獲得“首屆國際休閑生活方式案例獎”金獎。
2022年,獲得“GENTLE GALA先生之夜”年度先生稱號。
馬清運是中國的世界級建筑師,擁有全球視野。我們很快發現他是最合適的人選,他能帶領學校走向世界。(邁克爾·杰克遜 評)
國內大部分建筑師還只是沉溺于個人項目,而馬清運卻擁有國際建筑界共同的話題,并且可以很好地與他們廣泛溝通,就連國際建筑大師進軍中國也只有依靠他們才能表達自己。(同濟大學建筑學院院長吳志強 評)
馬清運是全球“最具影響力的設計師”。(美國《商業周刊》 評)