連橫紀念館位于杭州西湖風景區的瑪瑙寺，占地面積9139平方米，建筑面積2600平方米。2008年12月，連橫紀念館由臺灣財團法人“國政研究基金會”與杭州西湖風景名勝區管委會共同籌備建設完成。連橫紀念館是兩岸文化交流的重要平臺，在弘揚中華文化，加強精神紐帶方面，正發揮越來越重要的作用。
瑪瑙寺原來的廂房作為展示空間，共分為7個展廳，分別是臺灣自然環境廳、歷史文化廳、臺灣原住民廳、連雅堂紀念廳、臺灣人物志廳、傳統工藝廳、現代工藝廳。二期在一期展廳的基礎上，增加臺灣近代雕塑百年展展區、雅言圖書館、清泉居飲茶室和連橫紀念館門樓。展區集結了臺灣過去百年雕塑界的47件代表作品。而雅言圖書館則收藏和集納了有關臺灣自然、歷史和人文等方面的1112冊文獻。
瑪瑙寺為著名古代佛寺，1926年－1927年，連戰的祖父、《臺灣通史》作者、愛國史學家連橫，曾居住于該寺研究整理文史資料；連戰的父親連震東也曾來杭探親居住，與瑪瑙寺結下淵源。2006年，連戰首次來杭參訪，對瑪瑙寺的建筑及環境保護給予高度評價，并提出將瑪瑙寺建成海峽兩岸文化交流平臺的設想。在兩岸共同努力下，2008年12月，連橫紀念館由臺灣財團法人“國政研究基金會”與杭州西湖風景名勝區管委會共同籌備建設完成。
連橫生于光緒4年正月16日（1878年2月17日），字武公，號雅堂，又號劍花。1899年為臺南臺澎日報記者，為臺灣總督兒玉源太郎作歌頌詩《歡迎兒玉督憲南巡頌德詩》。1902年，赴福建參加科舉，先去廈門，以銀錢捐得監生功名，取得應考資格，再到福州應鄉試，但不第。1905年，再一次離開臺灣，在福建廈門創辦《福建日日新聞》。關閉《福建日日新聞》后，連橫又于同年回到臺灣，仍然在由《臺澎日報》改版而成的《臺南新報》任職。連橫28歲時（1906年），由于連橫酷愛吟詩，與友人趙云石、謝籟軒等十余人在臺南創南社。連橫30歲時（1908年），連橫舉家遷到臺中，工作也換到在臺中發行的《臺灣新聞》漢文部。這一年，開始了他《臺灣通史》的寫作工程。
連橫31歲時（1909年），與友人林癡仙、賴紹堯、林幼春等人創櫟社，以道德文章相切磋。連橫34歲時（1912年），假道日本再度赴中國旅游，先抵達上海，然后再游南京、杭州等地。連橫35歲時（1913年），連橫到達北京，參加華僑選舉國會議員，不中。同年秋天，又轉往奉天、吉林，入新吉林報社工作。連橫36歲時（1914年春），連橫再度回到京，“時趙次珊先生長清史館，延先生入館共事，因得盡閱館中所藏有關臺灣建省檔案，而經其收入臺灣通史”，同年冬天，連橫回到臺灣臺南，繼續在《臺南新報》任職。1914年冬至1919年，寓居臺南以完成《臺灣通史》。1919年移居臺北，受雇于華南銀行的發起人林熊征，幫忙處理與南洋華僑股東往返的文牘。1923年，連橫與夫人一起同游日本。連橫46歲時（1924年2月），在臺北創立發行的漢語古典雜志“臺灣詩薈”，一直到1925年10月赴浙江西湖養病停刊止，共發行22期。同年，日本“常磐生命保險株式會社”給予特許經營權臺北代理店，專營兒童保險，并曾于自己創辦的“臺灣詩薈”雜志上刊登廣告。1926年，連橫又舉家移居杭州一年，理由是養病。1927年回到臺北。與友人黃潘萬合開了一家書店，店名叫做雅堂書局。該書店標榜不賣日文書籍文具，但卻又代理臺灣總督府采購有關南方資料的漢文書籍業務，而成為御用書店。該書店在兩年后就因經營不善而關閉。1930年3月2日，連橫在日本人御用報紙《臺灣日日新報》上發表〈新阿片政策謳歌論〉（民間俗稱《阿片有益論》或《鴉片有益論》）辯稱鴉片有益的意見書。他于1931年返回臺南，借寓別人家中，“不復與北人士相聞問”。由于在臺灣已經無法立足，連橫籌謀讓獨子連震東去中國尋求出路。該年4月，連震東即帶著連雅堂的八行書，前往中國投靠民國初的參議院議長張繼。
1933年，連雅堂覺得臺灣“不可一日居”，獨子又已在中國落腳，才移居上海（陳柔縉 1999年）。1936年，連橫因肝癌病逝于上海，后遷葬返臺，墓園位于今新北市泰山區。
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