三大TOP100榜單的評選過程嚴格而科學。新銳企業的評選，首先要求參選企業必須是科創企業，專精特新及國家高新企業優先，還要重點考察企業的融資和知識產權情況，同時結合行業、營收情況、團隊、權威榮譽等多項輔助條件進行綜合評估。對于專精特新標桿企業的評選，企業必須首先是專精特新企業，這是評選的基本前提。在此基礎上，還要突出企業的市場化、資本化、知產化能力，同時考慮所屬行業、增長情況、核心團隊、權威榮譽等輔助條件。而上市企業的評選，則更加注重企業的綜合實力和市場表現。除了要求企業必須是注冊在粵港澳大灣區城市的上市企業（不含境外）、屬于戰略新興產業，并優先考慮專精特新/國家高新企業外，還要綜合考察企業的營業收入、利潤、所得稅、應交稅費等四項主要指標，以及總資產、市值、研發投入、知識產權、科創成果轉化等多項參考指標。