復旦大學出版社于1980年12月獲批建社，1981年正式宣布成立，2009年改為復旦大學出版社有限公司，系國家教育部主管、復旦大學主辦的綜合性大學出版社。

復旦大學出版社有限公司現設社辦公室、黨委辦公室、信息網絡技術部、宣傳策劃部、財務部、總編辦、人文編輯部、社科編輯部、理科編輯部、經管分社、醫學分社、外語分社、職業教育分社、南懷瑾項目組、大詞典項目組、質檢中心、校對部、裝幀設計部、出版部、法務部、營銷部、院校合作部、線上營銷部、儲運部等機構，下轄上海復旦大學電子音像出版社有限公司、上海復旦經世書局有限公司兩家獨立核算機構。

復旦社定位于原創性學術著作和高校優秀教材出版，強調出版社尤其是大學出版社應該承擔起主體出版的重任，堅持大學出版為大學教學與科研服務的宗旨，強化學術出版功能，為繁榮學術和優秀文化的傳承做出貢獻。建社至今，有近500種圖書獲得包括中國圖書獎、國家圖書獎、中華優秀出版物獎、中國出版政府獎以及教育部中國高校人文社會科學研究優秀成果獎在內的各種獎勵近千項。在全國大學出版社中，無論獲獎等級還是獲獎數量和比例，均位居前列。