《中國國家重點保護野生植物名錄（第一批）》列入野生植物250余種，其中，國家一級保護植物有玉龍蕨、中華水韭、光葉蕨、望天樹等50余種，在所有一級保護植中被子植物種類最多，其中紅豆杉是世界上公認的瀕臨滅絕的天然珍稀抗癌植物，是第四紀冰川遺留下來的古老樹種，在地球上已有250萬年的歷史。
國家二級保護野生植物有白豆杉、白皮云、刺參、 馬尾樹等共200多種，在所有二級保護植物中受保護植物種類最多是木蘭科植物，共有20種植物，其次種類數目最多的是豆科和松科，種類下都各有15種植物。
| 排序 | 中文名 | 學名 | 類別 |
| 1 | 光葉蕨 | Cystoathyrium chinense | 蹄蓋蕨科 |
| 2 | 玉龍蕨 | Sorolepidium glaciale | 鱗毛蕨科 |
| 3 | *水韭屬（所有種） | Isoetesspp. | 水韭科 |
| 4 | 巨柏 | Cupressus gigantea | 柏科 |
| 5 | 蘇鐵屬（所有種） | Cycasspp. | 蘇鐵科 |
| 6 | 銀杏 | Ginkgo biloba | 銀杏科 |
| 7 | 百山祖冷杉 | Abies beshanzuensis | 松科 |
| 8 | 梵凈山冷杉 | Abies fanjingshanensis | 松科 |
| 9 | 元寶山冷杉 | Abies yuanbaoshanensis | 松科 |
| 10 | 資源冷杉（大院冷杉） | Abies ziyuanensis | 松科 |
| 11 | 銀杉 | Cathaya argyrophylla | 松科 |
| 12 | 巧家五針松 | Pinus squamata | 松科 |
| 13 | 長白松 | Pinus sylvestrisvar.sylvestriformis | 松科 |
| 14 | 臺灣穗花杉 | Amentotaxus formosana | 紅豆杉科 |
| 15 | 云南穗花杉 | Amentotaxus yunnanensis | 紅豆杉科 |
| 16 | 紅豆杉屬（所有種） | Taxusspp. | 紅豆杉科 |
| 17 | 水松 | Glyptostrobus pensilis | 杉科 |
| 18 | 水杉 | Metasequoia glyptostroboides | 杉科 |
| 19 | *長喙毛茛澤瀉 | Ranalisma rostratum | 澤瀉科 |
| 20 | 普陀鵝耳櫪 | Carpinus putoensis | 樺木科 |
| 21 | 天目鐵木 | Ostrya rehderiana | 樺木科 |
| 22 | 伯樂樹（鐘萼木） | Bretschneidera sinensis | 伯樂樹科 |
| 23 | 膝柄木 | Bhesa sinensis | 衛矛科 |
| 24 | 萼翅藤 | Calycopteris floribunda | 使君子科 |
| 25 | *革苞菊 | Tugarinovia mongolica | 菊科 |
| 26 | 東京龍腦香 | Dipterocarpus retusus | 龍腦香科 |
| 序號 | 中文名 | 學名 | 類別 |
| 1 | 法斗觀音座蓮 | Angiopteris sparsisora | 觀音座蓮科 |
| 2 | 二回原始觀音座蓮 | Archangiopteris bipinnata | 觀音座蓮科 |
| 3 | 亨利原始觀音座蓮 | Archangiopteris henryi | 觀音座蓮科 |
| 4 | 對開蕨 | Phyllitis japonica | 鐵角蕨科 |
| 5 | 蘇鐵蕨 | Brainea insignis | 烏毛蕨科 |
| 6 | 天星蕨 | Christensenia assamica | 天星蕨科 |
| 7 | 桫欏科（所有種） | Cyatheaceae spp. | 天星蕨科 |
| 8 | 蚌殼蕨科（所有種） | Dicksoniaceae spp. | 天星蕨科 |
| 9 | 單葉貫眾 | Cyrtomium hemionitis | 鱗毛蕨科 |
| 10 | 七指蕨 | Helminthostachys zeylanica | 七指蕨科 |
| 11 | 水蕨屬（所有種） | Ceratopteris spp. | 水蕨科 |
| 12 | 鹿角蕨 | Platycerium wallichii | 鹿角蕨科 |
| 13 | 扇蕨 | Neocheiropteris palmatopedata | 水龍骨科 |
| 14 | 中國蕨 | Sinopteris grevilleoides | 中國蕨科 |
| 15 | 貢山三尖杉 | Cephalotaxus lanceolata | 三尖杉科 |
| 16 | 蓖子三尖杉 | Cephalotaxus oliveri | 三尖杉科 |
| 17 | 翠柏 | Calocedrus macrolepis | 柏科 |
| 18 | 紅檜 | Chamaecyparis formosensis | 柏科 |
| 19 | 岷江柏木 | Cupressus chengiana | 柏科 |
| 20 | 福建柏 | ??Fokienia hodginsii | 柏科 |
| 21 | 朝鮮崖柏 | Thuja koraiensis | 柏科 |
| 22 | 秦嶺冷杉 | Abies chensiensis | 松科 |
| 23 | 臺灣油杉 | Keteleeria davidiana var. formosana | 松科 |
| 24 | 海南油杉 | Keteleeria hainanensis | 松科 |
| 25 | 柔毛油杉 | Keteleeria pubescens | 松科 |
| 26 | 太白紅杉 | Larix chinensis | 松科 |
| 27 | 四川紅杉 | Larix mastersiana | 松科 |
| 28 | 油麥吊云杉 | Picea brachytyla var. complanata | 松科 |
| 29 | 大果青扦 | Picea neoveitchii | 松科 |
| 30 | 興凱赤松 | Pinus densiflora var. ussuriensis | 松科 |
| 31 | 大別山五針松 | Pinus fenzeliana var. dabeshanensis | 松科 |
| 32 | 紅松 | Pinus koraiensis | 松科 |
| 33 | 華南五針松（廣東松） | Pinus kwangtungensis | 松科 |
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