據史志記載，南京一帶在100-120萬年前就有古人類活動。7000年前，南京棲霞地區已有農業文明產生。3100年前，南京是西周周章的封地。229年，吳大帝孫權在此建都，南京從此崛起，使中國的政治中心走出黃河文化板塊的格局。隋唐兩代，南京受到北方朝廷刻意貶抑，但地理上的優勢使南京的經濟、文化不斷發展強大。宋代的南京是中國南方地區的政治、經濟、文化中心。1356年朱元璋攻占南京，改稱應天府。1949年4月23日，南京解放，仍為直轄市。1952年9月，南京直轄市與蘇南、蘇北行署區合并，成立江蘇省。1953年1月1日，江蘇省人民政府成立，南京定為江蘇省省會。1994年2月，中央明確南京行政級別為副省級。

截至2023年12月31日，南京下轄11個市轄區，即玄武區、秦淮區、建鄴區、鼓樓區、浦口區、棲霞區、雨花臺區、江寧區、六合區、溧水區、高淳區。